具体两个大学哪个专业更好，我想首先应该了解历史沿革。自从985政策实行后，很多大学为了拿到相关的名头和资源，2000年前后开始了院校合并潮。
吉林大学的医学是合并了白求恩医科大学而来的，中南大学的医学是合并了湘雅医学院而来的，如果单纯从这两个学校来看，湘雅医学院肯定要好于白求恩医科大，早年间，北协和南湘雅还是流传度很高的，足以证明湘雅医学院的实力，只是这些年湘雅确实退步了！
历史了解后，我们关注现在的学科评估，最新的学科评估是2017年，中南大学处于A-档，吉林大学处于B档，所以不管现在还是过去，吉林大学的医学都是弱于中南大学的。
谢谢邀请回答，希望能够帮上大家。
吉林大学、中南大学，都是著名大学，一个是在北方的吉林长春，一个是在中南方湖南长沙。单拿临床医学专业来说，中南大学的排名高于吉林大学，中南大学的是A-，吉林大学的是B，这是依照第四轮学科评估结果来说的，中南大学的临床医学排名前十。
同为A+的大学还有一些，可以拿来进行详细对比、从中择优报考。
l 第二军医大学：1011 护理学（A+）、1001 基础医学（A-）
l 华中科技大学：1004 公共卫生与预防医学（A+）、1002 临床医学（A-）
l 中南大学：1011 护理学（A+）、1002 临床医学（A-）
l 南京医科大学：1004 公共卫生与预防医学（A+）
l 第四军医大学：1003 口腔医学（A+）
l 复旦大学（原上海医科大学）：1001 基础医学、1002 临床医学（A）、1004 公共卫生与预防医学、1006 中西医结合（A-）
l 中山大学（原中山医科大学）：1001 基础医学、1002 临床医学（A-）
l 首都医科大学：1002 临床医学、1011 护理学（A-）
l 哈尔滨医科大学：1004 公共卫生与预防医学（A-）
虽然中南大学湘雅医学院的优势很明显，但吉林大学的白求恩医学部近些年的实力也很强势，正在逐渐成长为一所很有知名度、影响力的医学院，它在东三省还是排前三的，另外两所是哈尔滨医科大学、大连医科大学。
然后，我们来看看中南大学湘雅医学院的实力状况。
接着，我们再来看看吉林大学白求恩医学部的实力。
经过简单对比，我们可以得出一个结论：两所大学的实力相差不大。而且可以略微看出，吉林大学白求恩医学部的发展势头似乎后劲更足，毕竟吉林大学的综合排名比中南大学高一些，而且排名相对稳定。因此，如果考生的实力、排名、省位次等条件许可，那可以试着优先选择中南大学的临床医学专业。当然，这也需要看自己是看重大学的牌子，还是临床医学专业的排名，然后从中进行定夺，选一个对自己将来学习、就业最有助益的大学。然后，可以将其他有把握的医学院纳入考虑范围。
此外，中南大学的硕博点也值得提前考虑，提前琢磨琢磨临床医学将来的深造方向，然后再详细对比哪个更能带给自己价值，最能使自己增值。（圣达信教育梁挺福）